Με την ανακάλυψη ενός βυζαντινού πύργου, που είχε περικαλυφθεί από το ενετικό τείχος του Ηρακλείου, επιβεβαιώνεται η ύπαρξη τειχών στην πόλη κατά τη δεύτερη βυζαντινή περίοδο. Για να προσδιοριστεί η μορφή των τειχών αυτών, ο τρόπος δόμησής τους και οι μεταγενέστερες επεμβάσεις που δέχτηκαν, μελετάται το τμήμα της τείχισης που αποκαλύφθηκε σε συνδυασμό με σχέδια του Buondelmonti, του De Rossi και άλλων χαρτογράφων, που έδρασαν κατά τον 15ο, τον 16ο και τον 17ο αιώνα. Συμπεραίνεται ότι οι Βενετοί χρησιμοποίησαν την παλαιότερη βυζαντινή τείχιση, την οποία βρήκαν σε καλή κατάσταση λόγω των επισκευών που είχαν κάνει οι Γενοβέζοι· φρόντισαν, ωστόσο, για τη διαπλάτυνση των οχυρώσεων, επικαλύπτοντας τους πύργους και κατασκευάζοντας ένα νέο συνεχές προπέτασμα· στη συνέχεια ανύψωσαν πυργίσκους πάνω στα τείχη.