Κατά το 1960 συνεχίστηκαν οι εργασίες έκθεσης των Μουσείων Ηρακλείου και Χανίων και διαρρυθμίστηκε ένας χώρος κατάλληλος για το Μουσείο Αγίου Νικολάου. Εμπλουτίσθηκαν το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης και το Μουσείο Ρεθύμνου. Ιδρύθηκε η αρχαιολογική Συλλογή Μεταξά. Έργα αποκατάστασης έγιναν στην Κνωσό, στο μέγαρο Νίρου, στα Μάλια, στη Φαιστό και σε μεσαιωνικά μνημεία του Ηρακλείου, των Χανίων και της επαρχίας Ρεθύμνης. Πραγματοποιήθηκαν ανασκαφές σε θέσεις του Ηρακλείου και των Χανίων και στις περιοχές Αρχανών, Κατσαμπά, Μητρόπολης Γόρτυνας, Λεβήνας, Χόνδρου Βιάννου, Ολούντας, Τουρτούλων και Λισσού. Διεξήχθησαν υποβρύχιες έρευνες στη θαλάσσια περιοχή μεταξύ Αγίας Γαλήνης και Κόκκινου Πύργου. Οι ξένες αρχαιολογικές σχολές συνέχισαν τις ανασκαφές στην Κνωσό, στα Μάλια και στη Φαιστό. Ήρθαν τυχαία στο φως αξιόλογα ευρήματα σε διάφορα σημεία του νησιού.