Η πρώτη μαρτυρία για την ύπαρξη της επισκοπής Κυδωνίας ανάγεται στα μέσα του 4ου μ.Χ. αιώνα. Υπαγόταν στην εξαρχία του Ιλλυρικού και άρα στον Πάπα. Το 731 πέρασε στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Άγνωστες είναι οι τύχες της κατά την Αραβοκρατία. Αναδιοργανώθηκε τη δεύτερη βυζαντινή περίοδο. Στα όρια της έδρασε και ο μετέπειτα άγιος Ιωάννης ο Ξένος. Με τη βενετική κατάκτηση πέρασε σε καθολικούς ιερείς, οι οποίοι την μετονόμασαν σε Agiensis. Στους ορθόδοξους επέστρεψε κατά την Τουρκοκρατία. Η αναδρομή στην ιστορία της εκτείνεται ως τα μέσα του 20ου αιώνα. Συμπληρώνεται με τους πίνακες των μονών που υπήρχαν σε αυτήν και τους καταλόγους των ορθοδόξων και καθολικών επισκόπων της. Παρέχονται επίσης σύντομα βιογραφικά κι εργογραφικά σημειώματα για τις εξέχουσες εκκλησιαστικές προσωπικότητες της περιοχής.