Η άποψη για την επιβίωση της αρχαίας πόλης Ηράκλειο ως τον 9ο αιώνα στο χώρο του σημερινού Ηρακλείου στηρίζεται σε αβάσιμα επιχειρήματα. Οι πηγές, που χρησιμοποιήθηκαν για να τεκμηριωθεί η συγκεκριμένη υπόθεση, επιδέχονται διαφορετικής ερμηνείας. Η αναφορά στο "Πραιτώριο του Ηρακλείου", που γίνεται στο βίο του οσίου Στεφάνου του Νέου, για παράδειγμα, δεν παραπέμπει στην πόλη Ηράκλειο αλλά στον αυτοκράτορα Ηράκλειο, του οποίου η σχέση με το Πραιτώριο της τότε πρωτεύουσας του νησιού Γόρτυνας επιβεβαιώνεται από αρχαιολογικά ευρήματα. Μνείες σε πόλη με το όνομα Ηράκλειο δεν υπάρχουν ούτε στον Συνέκδημο του Ιεροκλέους του 6ου αιώνα ούτε στα ιστορικά κείμενα για την άλωση της Κρήτης από τους Άραβες. Επίσης οι ανασκαφές στην περιοχή δεν έχουν αποδώσει ευρήματα της α΄ βυζαντινής περιόδου.