Κατά το 1954 ολοκληρώθηκε η έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου και του Μουσείου Ρεθύμνης και άρχισε η αναδιοργάνωση των τριών Συλλογών της Ανατολικής Κρήτης. Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης εμπλουτίσθηκε με αντικείμενα της βυζαντινής, μεσαιωνικής και παλαιοτουρκικής περιόδου. Εργασίες αποκατάστασης πραγματοποιήθηκαν στην Κνωσό, στη Φαιστό, στο Ανάκτορο Μαλίων, στα Μέγαρα Τυλίσου και στη Μινωική Έπαυλη Σητείας. Προστατεύθηκαν ορισμένα μεσαιωνικά μνημεία του Χάνδακα: ο Άγιος Μάρκος, η Παναγία του Φόρου και η Παναγία των Σταυροφόρων. Συνεχίστηκαν τα έργα συντήρησης του Φρουρίου Λιμένος και των Μωσαϊκών Χερσονήσου. Πραγματοποιήθηκαν ανασκαφές στο ύψωμα Ονυθέ Γουδελιανών Ρεθύμνης, στην πόλη της Σητείας και στην ευρύτερη περιοχή της, στη Βιάννο, στον Κατσαμπά, στη Φαιστό και στη Γόρτυνα. Ήρθαν επίσης στο φως αξιόλογα ευρήματα σε διάφορα σημεία του νησιού.