Εν αντιθέσει με παλαιότερες θεωρίες για την ολοσχερή καταστροφή των τειχών του Χάνδακα κατά την ανάκτησή του από το Νικηφόρο Φωκά και για την έλλειψη οχύρωσης έως την κατάληψη της πόλης από τον γενουάτη Pescatore, υποστηρίζεται με αρχαιολογικά, τοπωνυμικά και άλλα τεκμήρια ότι έγινε νέα οχύρωση στο Χάνδακα, στην οποία ενσωματώθηκαν υπολείμματα των αραβικών τειχών και που διατηρήθηκε σε όλη τη διάρκεια της δεύτερης βυζαντινής περιόδου. Χάρη σε αρχαιολογικά ευρήματα και σε βενετικές ιστορικές πηγές ενισχύεται επίσης η θεωρία ύπαρξης μιας προελληνικής πόλης με το όνομα Βαλχανία ή Βουκανία κοντά στη Σούδα, από όπου είναι πιθανόν να προήλθε το τοπωνύμιο Χανιά, το οποίο επικράτησε την εποχή της αραβικής κατάκτησης.