Κατά το 1959 συνεχίστηκαν οι εργασίες έκθεσης του Μουσείου Ηρακλείου. Εμπλουτίσθηκαν το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης, τα Μουσεία Χανίων και Ρεθύμνης και οι συλλογές Αγίου Νικολάου και Ιεράπετρας. Εργασίες αποκατάστασης πραγματοποιήθηκαν στην Κνωσό, τη Φαιστό και τη Χερσόνησο. Προστατεύθηκαν ορισμένα μεσαιωνικά μνημεία του Ηρακλείου, του Ρεθύμνου, των Χανίων και της κρητικής ενδοχώρας. Πραγματοποιήθηκαν ανασκαφές στις περιοχές Τεμένους, Γιοφυρακίων, Πρινιά, Βιάννου, Λεβήνας, Σητείας, καθώς και στην πόλη των Χανίων, στη Λισσό, στη Βασιλική του Καστριού Χερσονήσου και στο χωριό Βεράν Επισκοπή Ρεθύμνης. Οι ξένες αρχαιολογικές σχολές συνέχισαν τις ανασκαφές στην Κνωσό, στη Φαιστό και στην περιοχή της Αγίας Τριάδας. Δοκιμαστική ανασκαφή έγινε στην Αγία Ρουμέλη Σφακίων. Ήρθαν τυχαία στο φως αξιόλογα ευρήματα κι επισημάνθηκαν νέοι αρχαιολογικοί χώροι σε διάφορα σημεία του νησιού.