Σημαντική μονή της Β’ Βυζαντινής περιόδου είναι η μονή Φανερωμένης. Το μοναστήρι έχει φρουριακή μορφή και για αυτό το λόγο πρόσφερε καταφύγιο στους καταδιωγμένους χριστιανούς αλλά και στους πολεμιστές.

Η Εκκλησία της Παναγίας της Κεραγωνιώτισσας, στην οποία ακόμη και σήμερα πραγματοποιούνται λειτουργίες.

Ο ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, γνωστός ως Παναγία Κερά είναι τρίκλιτος με τρούλο στο κεντρικό κλίτος. Οι τοιχογραφίες του ναού θεωρούνται ανώτερης ποιότητας και τέχνης  εκ των  οποίων οι παλιότερες είναι στο νότιο κλίτος και θεωρούνται οι πιο σημαντικές σ’ όλη την Κρήτη για την τεχνική αλλά και τα θέματά τους. Ανήκουν στην Παλαιολόγεια αναγέννηση, έχουν δηλαδή τα χαρακτηριστικά της Μακεδονικής Σχολής.

Η Μονή Κρεμαστών βρίσκεται νότια της Νεάπολης και είναι κτισμένη στο τέλος του 16ου ή τις αρχές του 17ου αιώνα σε απότομη και κατάφυτη βουνοπλαγιά και δίνει την εντύπωση ότι κρέμεται. Σε αυτό οφείλει και το όνομά της. Στη μονή λειτούργησε καλά οργανωμένο κρυφό σχολειό, που με την πάροδο του χρόνου έγινε κοινοτικό. Η συμβολή της μονής υπήρξε σημαντική στην παιδεία της εποχής.

Από τα πιο ονομαστά και πλούσια μοναστήρια που έχουν απομείνει είναι η μονή της Κυράς Ακρωτηριανής, γνωστότερο με το όνομα Τοπλού, επειδή πήρε το προνόμιο κατά την οθωμανική κατάκτηση να διατηρεί κανόνι. Η Μονή Τοπλού είναι ένα ιστορικό μοναστήρι που διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο σε όλους τους αγώνες των Κρητικών για Ελευθερία.

Σκαλωμένο στο φρύδι της εξόδου του φαραγγιού των Περβολακιών, σε επιβλητικό τοπίο που ατενίζει το Λιβυκό πέλαγος βρίσκεται το μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Καψά.