Κατά την κρητική επανάσταση του 1866-1869 ο Στέφανος Σκουλούδης υπήρξε ένα από τα πιο δραστήρια μέλη της Επιτροπής που είχαν συστήσει οι ομογενείς της Κωνσταντινούπολης για την υποστήριξη του αγώνα. Συνεργαζόταν με τον ηπειρώτη γιατρό και φιλόλογο Ηροκλέα Βασιάδη, ο οποίος είχε ρόλο συνδέσμου ανάμεσα στην Επιτροπή της Κωνσταντινούπολης και την Κεντρική Επιτροπή Αθηνών. Τις μυστικές εκθέσεις του Βασιάδη φύλασσε ο Σκουλούδης στα αρχεία του, μαζί με αλληλογραφία των ετών 1866-68, που σχετιζόταν με τη δράση των Επιτροπών της Αθήνας, της Κωνσταντινούπολης και άλλων περιοχών για την ενίσχυση των επαναστατών της Κρήτης. Μικρό τμήμα του αρχειακού αυτού υλικού ανακαλύφθηκε τυχαία και δημοσιεύεται με τον ανάλογο σχολιασμό.