Μετά την άλωση της Κρήτης από τους Οθωμανούς, ο Σουλτάνος Μεχμέτ Δ΄ παραχώρησε τα χωριά Μαργαρίτες, Άγιο Θωμά και Αγία Βαρβάρα στον πορθητή του Χάνδακα Μεγάλο Βεζίρη Αχμέτ Κιοπρουλή. Η δωρεά έδινε στον Κιοπρουλή το δικαίωμα της ολοκληρωτικής κατοχής και της κληροδότησής τους. Στο Τουρκικό Αρχείο Ηρακλείου σώζονται τα έγγραφα που συντάχθηκαν όταν ο πληρεξούσιος του Κιοπρουλή Εμπού Βεκήρ, Δεφτερδάρης της Κρήτης, ζήτησε από το Ιεροδικείο του Χάνδακα να σταλεί αντιπρόσωπος για να εξακριβώσει τα σύνορα των χωριών. Η εξακρίβωση έγινε από έμπειρους κατοίκους των συγκεκριμένων και άλλων γειτονικών περιοχών ενώπιον Τούρκων μαρτύρων. Το έγγραφο που αφορά την Αγία Βαρβάρα δημοσιεύεται σε ελληνική μετάφραση. Παραδίδει πλούτο τοπωνυμίων, πολλά από τα οποία έχουν πλέον χαθεί.