Το «Ψηφιακό Βοτανικό Μουσείο της Κρήτης» αποτελεί μια ψηφιοποιημένη έκδοση μέρους της συλλογής του Βοτανικού Μουσείου (Herbarium) του Μεσογειακού Αγρονομικού Ινστιτούτου Χανίων (Μ.Α.Ι.Χ.).
Η συλλογή αυτή αποτελείται από αποξηραμένα δείγματα άγριων (αυτοφυών) φυτών της Κρήτης, που φυλάσσονται σε ειδικό χώρο, και συνοδεύονται από πληροφορίες σχετικά με την τοποθεσία και ημερομηνία συλλογής, βιότοπο, κ.α. Σήμερα, το Herbarium του ΜΑΙΧ αριθμεί περίπου 8.500 δείγματα, που αντιστοιχούν σε περίπου 1.300 διαφορετικά είδη από τα περίπου 2.000 είδη φυτών της Κρήτης, και συνεχίζει διαρκώς να εμπλουτίζεται.
Από αυτή τη συλλογή, επιλέχθηκαν για ψηφιοποίηση και δημοσιοποίηση τα πιο σπάνια και ιδιαίτερα είδη της Κρητικής χλωρίδας (320 είδη), που παρουσιάζονται στις εξής θεματικές υποκατηγορίες: - προστατευόμενα είδη, - απειλούμενα και  - άλλα σπάνια είδη.